אבחון של היפופרתירואידיזם מתבסס על תסמינים אופייניים, תולדות המקרה, הערכה קלינית ובדיקות מעבדה. בבדיקות הדם ניתן למצוא רמות לא תקינות של סידן, זרחן, מגנזיום, קריאטינין והורמון הפרתירואיד. בשתן ניתן לגלות אם יש הפרשה מופרזת של סידן. בדיקה של התגובה להזרקת הורמון הפרתירואיד יכולה לעזור באבחון של פסוידוהיפופרתירואידיזם.
לעתים יש צורך לערוך בדיקות לגילוי סיבוכים של היפופרתירואידיזם. למשל: תרשים א.ק.ג לבדיקת הפעילות החשמלית של הלב וגילוי הפרעות קצב שקשורות לסידן נמוך בדם ולהיפופרתירואידיזם, בדיקת עיניים לגלוי קטרקט, ובדיקות גנטיות לאבחון מוטציות ספציפיות שגורמות להיפופרתירואידיזם גנטי.
